اکسپرس جعفر مسیری را طی میکند که طول آن بیش از ۱۶۰۰ کیلومتر است و از کویته شروع می‌شود و از جیکب آباد و سکھر در سندھ عبور کرده و پس از آن از شهرهای بزرگ پنجاب می‌گذرد و در نهایت به پیشاور می‌رسد. این سفربین ۳۴ تا ۳۷ ساعت طول میکشد و مخصوصاً آهسته است زیرا از اراضی ناهموار بلوچستان عبور میکند.
قطار بدشانس سه‌شنبه ساعت ۹ صبح با ۴۵۰ مسافر حرکت کرد، اگرچه ۷۵۰ نفر برای آن تکیت گرفته بودند. این قطار حدود ۱۵۰ کیلومتر به سمت بولان حرکت کرد، جایی که یک سری تونل‌ها در طول مسیر راه‌آهن قرار دارد.
قطار به تونل مشکف رسید، هشتمین تونل از ۱۷ تونل، حدود ساعت ۱ بعد از ظهر که در آنجا مورد حمله قرار گرفت.
براساس گزارش خبرگزاری فرانسه، شبه‌نظامیان بخشی از مسیر قطار را بمب‌گذاری کرده و سپس آتش گشودند و قطار را تصرف کردند. روزنامه داون به نقل از مقامات گزارش داد که راکت‌هایی نیز به سوی قطار شلیک شده بود.
قطار متوقف شد زیرا راننده، که هویت او امجد یاسین اعلام شده است، به شدت زخمی شد. بعدها گزارش شد که او بر اثر جراحاتش جان باخته است.
بازماندگان به رسانه‌ها گفتند که قطار در اثر انفجار از ریل خارج شد و صدای انفجار و غبار در همه جا پخش شد. مسافران خود را بر روی زمین انداختند و با بیک‌هایشان خود را پوشاندند تا از تیراندازی‌ها پناه بگیرند.
یکی از نجات یافته به اردو نیوز گفت که حمله‌کنندگان وارد قطار شده و افراد همراه با زنان، کودکان و افراد مسن را جدا کردند. این بازمانده گفت که او باور دارد حدود ۱۰۰ مهاجم در مجموع در حمله حضور داشتند.
بازماندگان آزاد شده مجبور شدند برای هفت کیلومتر پیاده‌روی کنند تا به ایستگاه راه‌آهن پانیر برسند، جایی که کمک دریافت کردند.
یکی دیگر از بازماندگان این حمله به خبرگزاری فرانسه گفت که مهاجمان پس از ورود به قطار، تذکره و کارت استخدام مسافران را بررسی کردند.سپس کسانی را که ازپنجاب بودند با خود بردند.
در همین حال، نیروهای امنیتی عملیات نجات را با هلیکوپترهای مسلح آغاز کردند. با این حال، رادیو پاکستان گزارش داد که تروریست‌ها به گروه‌های کوچکتر تقسیم شدند. تیراندازی‌های شدید از محل حادثه گزارش شده است.
به گفته محقق واکادمیک داکتردوست محمد بریچ، پژوهشگر و استاد دانشگاه، انتخاب تونل به عنوان محل حمله به این معنا بود که ارتباطات قطع می‌شود زیرا در آنجا هیچ سیگنالی وجود ندارد. همچنین این کار به تروریست‌ها پناه می‌داد تا در حالی که عملیات در حال اجرا بود، در امان بمانند.
تا شب سه‌شنبه، مقامات امنیتی اعلام کردند که ۱۰۴ مسافر از قطار نجات یافته‌اند. تا صبح چهارشنبه، این تعداد به ۱۵۵ نفر افزایش یافت.
مقامات امنیتی افزودند که در جریان عملیات، ۲۷ تروریست کشته شده‌اند.
با اینکه هنوز صدها مسافر مفقود هستند، رسانه‌های دولتی گزارش دادند که تروریست‌ها زنان و کودکان را به عنوان گروگان در سه مکان مختلف نگه‌داشته‌اند.
